Petersen spricht nicht von Klassen, sondern von Gruppen. Eine besondere Bedeutung kommt dabei der Stammgruppe zu.

In den 1920er Jahren schrieb Petersen schon „Das heutige Schulsystem zeigt auf jede Weise den Bankerott des Jahresklassensystems“. Für ihn ist es fundamental, verschiedenste Begabungen in den Klassen zuzulassen und beisammen zu behalten.

Der Pädagoge ist überzeugt, dass die Mischung von Schülern beiden Geschlechts und verschiedener Jahrgänge das Beste ist. So gibt es eine sehr viel größere Bandbreite an Leistung und die Schüler/innen haben weniger das Gefühl, in ihren Leistungen immer ungefähr den Leistungen ihrer Mitschüler/innen entsprechen zu müssen. Einige arbeiten an Kompetenzen, die viele andere ihrer Jahrgangsstufe schon erreicht haben, was aber nicht auffällt, weil die jüngeren Kinder auch daran arbeiten. Andere befassen sich mit Inhalten, die für andere Gleichaltrige noch zu komplex sind. Sie arbeiten dann einfach mit älteren Kindern zusammen.

Es gib in Jena viele Versuche über die ideale Zusammensetzung der Stammgruppen. Diese kamen zu folgendem Ergebnis:

Untergruppe: Hier sind die Kinder des 1. – 3. Schuljahres.

Mittelgruppe: Diese besteht aus Schülern des 4.-6. Schuljahres.

Obergruppe: Diese besuchen die Kinder des 6.-8. Schuljahres.

Jugendlichengruppe: Hier sind die Jugendlichen des 8.-10. Schuljahres.

In den Lebensjahren, in denen sich die Stammgruppen voneinander abgliedern, finden einschneidende seelisch- körperliche Entwicklungen statt. Deshalb stellten sich diese Kombinationen als am zielführendsten heraus. So gab es verstärkte Bildungsunterschiede (im Vergleich zu Jahrgangsklassen), ohne dass diese zu groß geworden wären. Gäbe es in den Klassen nun Sitzenbleiber, die emotional und physisch in einer anderen Entwicklungsstufe sind, störe und beeinträchtige dies das Funktionieren der Gemeinschaft.

Für Petersen ist die Stammgruppe eine „Sozialform“, die sich unter Anleitung eines Erwachsenen planvoll „als Mittel der geistigen Gemeinschaft weiß und will“. (S. 54) Dabei arbeiten die Schülerinnen frei und eigenständig, nutzen ihre Bewegungsfreiheit, beugen sich aber dem „Gesetz der Gruppe“ (s. 2.2.2.). Schnell bilden sich in den Zeiten der Gruppenarbeit Tischgruppen auf Grund von Sympathien, gemeinsamer Interessen oder auch auf Geheiß des Gruppenführers (, wobei die Schüler/innen vom Nutzen überzeugt sein müssen. Gruppenbildung unter Zwang und mit dem Widerwillen der Schüler/innen betrachtet der Pädagoge als wertlos). Diese Tischgruppen verändern sich im Laufe des Jahres auch laufend, weil die Gruppe eine freie Dynamik im Inneren hat und die Kinder innerlich verschieden wachsen.
 (Petersen, Peter: Der Kleine Jena- Plan, Weinheim und Basel, Beltz Verlag, 64. Auflage 2011, S.32, 51ff, 69).